Las sedes de los programas MyDCI son el Instituto de Ingeniería, la Facultad de Ingeniería de Mexicali, la Facultad de Ciencias Químicas e Ingeniería de Tijuana, la Facultad de Ciencias de Ensenada, la Facultad de Ingeniería, Arquitectura y Diseño de Ensenada; y Facultad de Ciencias de la Ingeniería, Administrativas y Sociales. Cada unidad académica cuenta con su Coordinador/a de Investigación y Posgrado, y a nivel Estatal se cuenta con una Coordinación General del MyDCI.